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因疫情关系，大稻埕码头货柜市集业者於110年5月21日自主性暂停营业，後因疫情微解封後，业者申请恢复营业，依规定现阶段仅提供外带，市府将督促业者配合「中央流行疫情指挥中心」相关公告及指引进行营运，也呼吁前往休憩民众务必遵守防疫规定，勿群聚饮食。

水利处表示，大稻埕码头货柜市集於疫情微解封恢复营运後即依规定要求仅提供外带，现场亦依规定实施实联制及人流管制，厂商在现场设置仅提供民众休憩使用的桌椅上均张贴有相关公告禁止饮食，惟近日发现仍有未遵守规定群聚饮食情形，为避免类似情事再次发生，已要求业者将座椅全数收起，场域内各商家张贴「仅提供饮料及食品外带、不得现场饮食」警语，并要求营运厂商现场派员加强宣导，请至河滨公园休憩之民众务必配合，公共场合应全程戴上口罩做好防疫基本措施，餐饮亦请外带回家再享用，水利处将派员加强巡视取缔，以避免民众违反相关防疫规范。